В ходе проверки Рособрнадзором был выявлен ряд недостатков. Научно-исследовательская работа студентов не предусматривает формирование компетенций, чего требует ФГОС.
Вопросы возникли и к преподавательскому составу. Реализация программы магистратуры должна обеспечиваться кадрами, имеющими базовое образование, ученую степень и опыт деятельности в соответствующей профессиональной сфере. В СурГУ магистрам преподают руководящие и научно-педагогические работники организации, а также лица, привлекаемые на условиях гражданско-правового договора.
Также учебное заведение не имеет полного лицензионного ПО, которое предусматривается в рабочих программах дисциплин.
Согласно заключению экспертов от 4 февраля 2020 года, «содержание и качество подготовки обучающихся не соответствует федеральному государственному образовательному стандарту (ФГОС)».