Филипенко стал первым губернатором ХМАО и занимал эту должность с 1996 по 2010 год. Пост главы округа Филипенко занял по распоряжению президента. Через год он выиграл на губернаторских выборах, набрав 70% голосов избирателей.
С 2010 по 2018 год он работал в качестве аудитора Счетной палаты.
Кроме того, с 1996 по 2000 год Филипенко представлял регион в Совете федерации и Совете по делам Севера.
Труд Филипенко был отмечен несколькими орденами «За заслуги перед Отечеством» и орденами Почета.